Magnus Hagberg arbetade efter examen som amanuens på Skellefteå museum 1993 och som ansvarig för Gustaf Frödings födelsehem Alster på Värmlands museum, och bland annat som chef för Arboga museum och chef för Vallby friluftsmuseum i Västerås. Åren 2003-08 var han chef Hallwylska museet i Stockholm. Han är sedan juni 2008 överintendent och chef för myndigheten Livrustkammaren och Skoklosters slott med Stiftelsen Hallwylska museet.
